Крестовоздвиженский мужской монастырь в Екатеринбурге был учрежден 26 декабря 1995 года по решению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II и Священного Синода. Монастырь расположен при храме во имя Воздвижения Честного и Животворящего Креста Господня, построенном в 1880 году. Земля под строительство храма была приобретена городским головой, екатеринбургским купцом В.В. Кривцовым. Храм освящен 24 августа 1880 года епископом Вениамином (Смирновым).
Первоначально храм функционировал как домовая церковь для Детского приюта Екатеринбургского Благотворительного общества, а также как полковая церковь для воинских частей, расквартированных в Оровайских казармах. В конце 1920-х годов, в период церковных расколов, храм сохранил верность митрополиту Сергию и стал кафедральным собором Екатеринбурга. В это время в нем служили 12 священников, что обусловило его народное название «Собор двенадцати апостолов».
В 1930 году храм был закрыт советскими властями. В ходе перепланировки были снесены купол и колокольня. В последующие годы здание использовалось для различных светских нужд: в нем размещались мастерские, в годы Великой Отечественной войны - временный вольер для животных эвакуированного зоопарка. В послевоенный период помещение было разделено на этажи, где располагались художественные и архитектурные организации.
В 1993 году храм был возвращен Русской Православной Церкви и восстановлен в статусе приходского. В 1995 году при нем был учрежден мужской монастырь. Архитектура храма представляет собой пример эклектики с элементами русского стиля и классицизма. Сохранившееся здание является единственным историческим строением на территории монастыря.
Среди святынь храма отмечаются частица Честного и Животворящего Креста Господня, Иверская икона Божией Матери с мощами святых, включая святителей Тихона Задонского и Митрофана Воронежского, а также местночтимых уральских подвижников. В храме также находятся мощехранительные иконы преподобного Серафима Саровского, священномученика Фаддея Тверского и других святых.