Кожеозерский Богоявленский монастырь основан в 1560 году преподобными Нифонтом и Серапионом Кожеезерскими. Основание обители было подтверждено грамотой Ивана Грозного от 30 сентября 1585 года, которой монастырю пожаловали Лопский остров на Кожеозере и прилегающие земли. В начале XVII века монастырь использовался как место ссылки политических противников, включая Ивана Сицкого, насильно постриженного в монахи по приказу Бориса Годунова.
В конце XVI века в монастыре проживал блаженный Леонид Устьнедумский, позднее перешедший в Соловецкий монастырь. На рубеже XVI–XVII веков в обители подвизался преподобный Никодим Хозьюгский, оставивший после себя икону Божией Матери «Неопалимая Купина», пожалованную ему митрополитом Пафнутием Сарским и Подонским в 1605 году.
В 1630-х годах в монастырь прибыл будущий Патриарх Никон, который в 1643 году был поставлен игуменом. При нем обитель расширила хозяйственную деятельность, включая торговлю солью и красной рыбой. В 1646 году Никон был переведен в столичный Новоспасский монастырь по просьбе царя Алексея Михайловича.
В 1764 году монастырь был упразднен в рамках секуляризационной реформы Екатерины II. Возобновлен в 1853 году, но в 1918 году разграблен и закрыт советской властью. Настоятель и насельники были убиты, а уцелевшие монахи рассеялись. В 1997 году на месте монастыря установлен Поклонный Крест, а в 1999 году обитель официально возрождена.
Архитектурный комплекс монастыря включал каменные Богоявленскую и Предтеченскую церкви, а также деревянный храм с мощами преподобного Никодима Хозьюгского. К концу XIX века в монастыре проживало 25 монахов. В настоящее время восстановлен надвратный храм в честь Тихвинской иконы Божией Матери, тогда как другие постройки остаются в полуразрушенном состоянии.
