Свято-Ильинская Водлозерская пустынь расположена на острове Малый Колгостров в северной части Водлозера. Первые упоминания о погосте встречаются в «Жалованной грамоте» митрополита Новгородского Варлаама, выданной в 1592 году. Согласно документу, первоначальный храм сгорел, и на его месте была возведена новая церковь. Существует предание о возникновении погоста на месте языческого святилища, однако более достоверной считается версия о его основании в XVI веке монахами, направлявшимися на Соловки.
В 1708 году митрополитом Иовом было благословлено строительство третьего по счету деревянного шатрового храма с приделом Успения Божией Матери. К концу XVIII века здание пришло в ветхость, и в 1797 году началось возведение новой церкви. Проект, утвержденный Олонецкой консисторией, предполагал строительство по образцу городских каменных храмов, однако местные жители и плотники отступили от плана, сохранив традиции деревянного зодчества. Церковь была освящена в 1798 году.
Архитектура храма сочетает черты обонежского и поонежского стилей. Основной объем представляет собой высокий четверик, завершающийся кубом с главкой. К нему примыкают алтарь и трапезная, образуя вытянутый прямоугольник в плане. Первоначально колокольня соединялась с храмом висячим переходом, позже замененным на общую конструкцию. В XIX веке церковь подверглась значительным перестройкам, включая замену шатрового завершения колокольни на полукупол со шпилем и обшивку стен тесом.
В 1930-е годы погост был закрыт, богослужения возобновились в 2003 году. В 2006 году Священный Синод учредил на его территории мужской монастырь. Сохранившийся храм пророка Илии является памятником архитектуры федерального значения. В 2018 году на территории монастыря был построен зимний храм в честь Иоанна Предтечи.