Климентовский Инкерманский мужской монастырь расположен вблизи устья реки Чёрной, на территории города Инкерман, административно входящего в состав Севастополя. Основание монастыря связано с именем священномученика Климента, папы Римского, сосланного в каменоломни Херсонеса в 101 году и принявшего здесь мученическую кончину. По преданию, первые пещерные храмы были высечены в скале самим святым Климентом и его учениками.
В VIII-IX веках на этом месте возник пещерный монастырь, вероятно, основанный иконопочитателями, бежавшими из Византии во время иконоборческих гонений. Монастырь располагался под защитой крепости Каламита, построенной в VI веке и перестроенной в XV веке княжеством Феодоро. В 1475 году крепость была захвачена османами и переименована в Инкерман, что означает «пещерная крепость». Монастырь пришёл в упадок и был заброшен после исхода христиан из Крыма в 1778 году.
Возрождение монастыря началось в 1850 году. В 1852 году был освящён пещерный храм во имя священномученика Климента, высеченный, по преданию, самим святым. Во время Крымской войны монастырь пострадал от обстрелов, но вскоре был восстановлен. В 1867 году построен дом настоятеля и часовня во имя Святой Троицы, восстановлен источник святого Климента. В 1895 году возведён храм во имя великомученика Пантелеимона, а в 1905 году — храм во имя священномученика Димитрия Солунского.
В 1926 году монастырь был закрыт советскими властями, а его храмы разрушены или перепрофилированы. Во время Великой Отечественной войны в пещерах монастыря размещался штаб 25-й Чапаевской дивизии. Возрождение обители началось в 1991 году. Были восстановлены пещерные храмы, возвращены святыни, возобновлена монашеская жизнь. В 2019 году в монастыре возобновились регулярные богослужения в пещерном храмовом комплексе.