Первоначальный храм в честь Казанской иконы Божией Матери был основан в 1896 году в селе Поречье Звенигородского уезда Московской губернии. Инициатором строительства выступила известная московская благотворительница Александра Ксенофонтовна Медведникова, владевшая селом в конце XIX века. Она открыла в своей усадьбе богадельню для престарелого духовенства Московской епархии и при ней устроила храм. Храм был однокупольным, с боковыми приделами в честь Трёх Святителей и мученицы Александры. После кончины в 1899 году, Медведникова была похоронена в усыпальнице церкви.
В 1930-х годах, в период антирелигиозной политики советской власти, богадельня и храм вместе с могилой А.К. Медведниковой были уничтожены. На территории бывшей усадьбы разместились совхоз и школа кустарей, а позднее — санаторий Академии наук.
Спустя несколько десятилетий, в 2011 году, по благословению митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия, было принято решение о строительстве нового храма в честь Казанской иконы Божией Матери в Звенигороде. 8 октября 2011 года состоялась закладка временного деревянного храма на территории микрорайона Южный. 7 апреля 2012 года, в праздник Благовещения Пресвятой Богородицы, было совершено малое освящение храма.
Архитектурно новый храм представляет собой деревянное здание, выполненное в традициях русского деревянного зодчества. Он является действующим и относится к Одинцовской епархии Русской Православной Церкви. В настоящее время ведутся подготовительные работы по строительству основного храмового комплекса.
