В 1868 году по инициативе братьев Петра, Александра и Василия Бахрушины, известных московских купцов и меценатов, была основана богадельня в Зарайске. В рамках этого проекта был построен комплекс зданий, включающий бесплатную больницу, амбулаторию, родильный дом, приют для престарелых и больных, а также начальное женское училище. На территории этого комплекса, на месте старой деревянной церкви, в 1879 году была построена каменная церковь в честь Казанской иконы Божией Матери.
Архитектурно, храм был выполнен в стиле позднего русского классицизма. Он представлял собой однонефное здание с полукруглой апсидой и трёхъярусной колокольней. Внутреннее убранство включало иконостас и росписи, отражающие традиции того времени.
В 1920-е годы, в период после Октябрьской революции, храм был закрыт. Колокольня и главы были утрачены, а внутреннее убранство разрушено. Здания богадельни, включая церковь, были переоборудованы под нужды центральной районной больницы. В помещении бывшего храма разместились службы «скорой медицинской помощи» и приёмный покой.
В 2002 году, благодаря инициативе местного населения, здание храма было возвращено православной церкви. Проведены ремонтные и восстановительные работы, в результате которых храм был восстановлен и вновь освящён. В настоящее время в церкви совершается полный круг богослужений, продолжаются реставрационные работы, а также ведётся активная миссионерская деятельность. При храме организована и работает благотворительная столовая, оказывающая помощь нуждающимся.
