В конце XIX века жители деревни Запутное, находившейся в Егорьевском уезде Рязанской губернии, испытывали необходимость в собственном храме, поскольку ближайшая церковь Знамения Пресвятой Богородицы в селе Знаменское располагалась на расстоянии девяти вёрст. В 1896 году крестьянам деревень Поздняки и Запутное было разрешено построить кладбищенскую церковь на земле, пожертвованной егорьевским купцом Иваном Трофимовичем Лебедевым. В 1899 году, согласно духовному завещанию саратовского мещанина Игнатия Гавриловича Московского, было выделено 4000 рублей на завершение строительства церкви в деревне Запутное.
В 1899 году благочинный 2-го округа Егорьевского уезда священник Василий Бобров освятил новый деревянный храм в честь Казанской иконы Божией Матери. Однако в 1903 году этот храм сгорел. На полученную страховую выплату было решено построить временный молитвенный дом, который был возведён к 1906 году и располагался к северо-западу от места будущего каменного храма. Этот деревянный молитвенный дом сохранился до нашего времени; в советский период в нём размещались детский сад и жильё для учителей.
Строительство каменного храма началось в 1912 году и завершилось в 1914 году. Новый храм был выполнен из красного кирпича в псевдорусском стиле, представляя собой одноглавый храм с шатровой колокольней. Архитектором проекта выступил И.С. Цеханский. Финансирование строительства осуществлялось на средства прихожан, а также благодаря пожертвованиям благотворителей.
В период с 1912 по 1914 годы в храме служил священник Василий Иванович Перлов. Церковный причт состоял из священника и псаломщика. В это время храм активно функционировал, являясь духовным центром для жителей деревни Запутное и окрестных населённых пунктов.
В 1927 году, в период антирелигиозной политики советской власти, храм был закрыт. Здание использовалось для различных хозяйственных нужд: в нём хранили зерно, затем обустроили военный склад, позже — склад удобрений. Со временем строение обветшало и было заброшено; жители разобрали деревянные двери, полы и другие элементы. В 1960-х годах главка обрушилась после удара молнии.
В 2006 году храм был возвращён Русской Православной Церкви. Настоятелем был назначен протоиерей Олег Пэнэжко, который совместно с прихожанами и жителями деревни начал работы по восстановлению храма. В первый строительный сезон были заделаны пробоины в стенах, вставлены окна и двери, проведено электричество, сооружены стропила и обрешётка, храм накрыли крышей из оцинкованного железа, построили лестницу на колокольню и настелили пол. К маю 2007 года на храм и колокольню установили купола.
В 2021 году на храм были установлены колокола. Однако здание по-прежнему нуждается в ремонте, особенно во внешней отделке. С крыши периодически падают кирпичи.
В 2022 году храм был газифицирован. Газовики Куровской газовой службы провели все необходимые работы для обеспечения храма газом, что стало важным этапом в его восстановлении и функционировании.
