Первое упоминание о церкви Воскресения Христова в Шуе датируется 1629 годом. В то время это была деревянная церковь с приделом святителя Николая Чудотворца. В середине XVII века, во время эпидемии чумы 1654–1655 годов, по инициативе прихожан и стараниями иконописца Герасима Иконникова была написана Шуйско-Смоленская икона Божией Матери, которая, по преданию, способствовала избавлению города от морового поветрия. Впоследствии церковь стала местом паломничества, а икона получила широкое почитание.
В 1756 году на месте деревянной церкви был возведён каменный Никольский собор, ставший частью архитектурного ансамбля. В конце XVIII века, в связи с увеличением числа прихожан и необходимостью расширения храма, было принято решение о строительстве нового Воскресенского собора. Строительство началось в 1792 году и завершилось в 1798 году. Собор был построен в стиле классицизма с элементами барокко, что отражало архитектурные тенденции того времени. Главный престол был освящён в честь Шуйско-Смоленской иконы Божией Матери.
В начале XIX века возникла необходимость в строительстве колокольни. В 1810 году под руководством итальянского архитектора Гауденцио Маричелли началось возведение отдельно стоящей колокольни. Однако в 1819 году, при достижении четвёртого яруса, сооружение обрушилось. Строительство было завершено в 1833 году под руководством губернского архитектора Евграфа Петрова. Высота колокольни составила 106 метров, что сделало её самой высокой отдельно стоящей колокольней в Европе.
В 1891 году, благодаря пожертвованиям купца Михаила Алексеевича Павлова, на колокольню был поднят колокол весом 1270 пудов (около 20,8 тонны), ставший седьмым по величине в Российской империи. Колокол был отлит в Москве и освящён 19 мая 1891 года.
В советский период собор столкнулся с серьёзными испытаниями. 15 марта 1922 года, в ходе кампании по изъятию церковных ценностей, на площади перед собором произошли столкновения между верующими и представителями власти, известные как "Шуйское дело". В результате этих событий несколько человек были убиты и ранены. После этого собор был закрыт, а его имущество конфисковано.
В 1939 году богослужения в соборе прекратились, и здание использовалось не по назначению. В этот период исчезла главная святыня храма — Шуйско-Смоленская икона Божией Матери. В начале 1990-х годов собор был возвращён Русской Православной Церкви. С 1991 года он является подворьем Свято-Николо-Шартомского мужского монастыря.
