В 1870-х годах на территории современного Покровского парка было организовано городское кладбище, известное впоследствии как Покровское. В 1885 году на его территории была построена деревянная часовня в честь Преображения Господня. С течением времени возникла необходимость в более просторном храме для проведения отпеваний и поминовений усопших.
В 1897 году священник Александр Муравьев обратился к епископу Камчатскому Евсевию (Никольскому) с просьбой о строительстве кладбищенской церкви. Благодаря содействию епископа городская Дума выделила на эти цели десять тысяч рублей. 15 ноября 1898 года был создан строительный комитет под председательством протоиерея А. Муравьева, в состав которого вошли видные жители Владивостока. В 1899 году был выбран участок для строительства, и 3 мая 1900 года состоялась закладка храма.
Храм был построен по образцу кладбищенской церкви в Благовещенске и освящен епископом Евсевием 29 сентября 1902 года. Пятиглавый храм вмещал около семисот человек, а в праздничные дни — до тысячи. Высокий центральный купол и многочисленные окна обеспечивали хорошее естественное освещение. В начале 1904 года в храме установили позолоченный иконостас, появились иконы и колокола. Временные деревянные кресты на куполах заменили железными с позолотой.
Из оставшихся после строительства материалов по благословению епископа Евсевия была построена и освящена 5 ноября 1902 года церковно-приходская школа для детей Корейской слободы, где обучалось около тридцати корейских и несколько русских детей.
В 1923 году кладбище было закрыто, а храм передан обновленческой общине. Православная община, насчитывавшая до трех тысяч верующих, осталась без храма и была вынуждена проводить богослужения в приспособленном помещении на улице Уткинской, 15. 28 апреля 1929 года городские власти приняли решение передать здание храма под клуб союзу пищевиков, а кладбище преобразовать в парк. С 1930 года началось разграбление церкви, а в 1935 году храм был взорван.
В 1990 году парку был присвоен статус мемориального, а в 1991 году проведен опрос жителей Владивостока, большинство из которых высказались за восстановление храма. 31 августа 1991 года городские власти передали территорию бывшего храма Владивостокской епархии. Несмотря на неоднократные попытки начать строительство, работы откладывались. 29 сентября 2004 года архиепископ Владивостокский и Приморский Вениамин в сослужении городского духовенства совершил молебен и заложил камень и мощи священномученика Константина Богородского в основание нового храма.
Строительство велось на сохранившемся фундаменте прежнего храма. 27 марта 2007 года были освящены десять колоколов нового храма, а 3 апреля они установлены на колокольне. 8 апреля 2007 года, в праздник Пасхи, в храме состоялась первая Божественная литургия.
