В январе 1895 года, во время визита архиепископа Тобольского и Сибирского Агафангела, возникла инициатива строительства нового храма в Кургане. На собрании, состоявшемся в доме купца Дмитрия Ивановича Смолина, архиепископ пожертвовал 100 рублей на строительство, после чего Смолин внес 10 000 рублей, а другие купцы и горожане также сделали пожертвования. В результате за короткое время было собрано 18 000 рублей.
В июле 1895 года городская дума выделила участок на Конной площади, рядом с закрытым кладбищем, для строительства храма. Проектирование церкви было поручено городскому архитектору Николаю Александровичу Юшкову, который для консультаций посетил Санкт-Петербург и Москву. 6 марта 1896 года была выдана храмозданная грамота, и 2 июня того же года состоялась закладка храма, которую совершил протоиерей Богородице-Рождественского собора Иоанн Волков.
Строительство храма продолжалось до 1902 года. 22 июня 1902 года церковь была освящена во имя святого благоверного князя Александра Невского епископом Тобольским и Сибирским Антонием. Здание церкви из красного кирпича было возведено в одной связи с колокольней. Внутреннее убранство отличалось художественной стенной живописью, пол был выложен металлической плиткой, а иконостас включал иконы высокой художественной работы, среди которых изображение великого князя Александра Невского.
В октябре 1929 года Александро-Невская церковь была закрыта. В разные годы в здании размещались краеведческий музей, факультет механизации Высшей партийной сельскохозяйственной школы, вещевой склад 32-го лыжного полка и вновь музей.
В 1991 году храм был возвращен верующим, и в декабре того же года возобновились богослужения. С момента создания Курганской и Шадринской епархии в 1993 году храм стал кафедральным собором.
