Первые упоминания о селе Козино относятся к XV–XVI векам, когда оно принадлежало боярскому роду Бельских. В 1584 году в Козино уже существовала деревянная клетская церковь с редким престолом во имя святителя Иоанна Златоуста.
В 1644 году на месте обветшавшего храма была построена новая деревянная церковь.
Во второй половине XVIII века был возведён новый деревянный храм. Однако после секуляризации церковных земель при Екатерине II эта земля стала государственной.
В 1866 году, благодаря стараниям местного крестьянского общества и усердию купца первой гильдии Павла Цурикова из Воскресенска, был построен каменный храм с колокольней.
В начале 1930-х годов, в период активной атеистической кампании в СССР, церковь святителя Иоанна Златоуста в селе Козино была закрыта одной из первых. Основная церковная утварь, в основном серебряные изделия, была реквизирована в сельсовет, который сгорел на следующий год. Колокола были увезены в Москву и сданы как цветной металлический лом, а деревянный иконостас уничтожили.
До конца 1950-х годов бывшая церковь использовалась как складское помещение. По просьбе исполкома Красногорского райсовета от 2 июля 1958 года Московский областной совет депутатов трудящихся от 7 июля 1958 года принял решение «О сломе церковного здания в селе Козино Красногорского района».
В 2002 году начато строительство деревянного Троицкого храма по проекту архитектора П. Паршикова, которое завершилось в 2006 году. На церковной территории построено приходское здание для воскресной школы. В храме находятся частицы мощей священномученика Игнатия Богоносца, святителя Николая Чудотворца, преподобного Феофила Киевского Христа ради юродивого, святой благоверной княгини Анны Кашинской.
На территории храма находится братская могила, где в декабре 1941 года были захоронены 17 неизвестных воинов 258-го стрелкового полка 9-й гвардейской стрелковой дивизии. На черной мраморной плите надгробия написано: «На этом месте покоятся воины 9 гвардейской дивизии генерала Белобородова А.П., защищавшие Москву в декабре 1941 года. Вечная память воинам, отдавшим жизнь свою за спасение Отечества!».
