Первое упоминание о храме в сельце Садки относится к концу XVII века. 23 февраля 1699 года княгиня Аграфена Степановна Урусова подала челобитную, в которой сообщалось о строительстве деревянной шатровой церкви во имя Рождества Иоанна Предтечи. Эта церковь имела брусчатую шатровую колокольню, крытую тёсом и расписанную красками под кирпич.
В 1710 году сельцо Садки перешло во владение Авраама Фёдоровича Лопухина, брата первой супруги Петра I, Евдокии Фёдоровны. Лопухин служил при дворе императора и имел тесные связи с опальной царицей и царевичем Алексеем Петровичем, которому приходился родным дядей. В 1718 году он был арестован за сокрытие места пребывания царевича и казнён.
В 1731 году новый владелец сельца, Фёдор Абрамович Лопухин, подал прошение в Синодальный Казённый Приказ о выдаче нового антиминса для церкви. В 1741 году он инициировал строительство каменного храма в стиле барокко на месте старой деревянной церкви. После завершения строительства Садки официально получили статус села.
После Отечественной войны 1812 года храм нуждался в ремонте. Был обновлён иконостас, а в 1830 году вместо прежней звонницы построена существующая поныне ампирная колокольня. В 1837 году церковь была расписана.
В 1937 году храм был закрыт, а последний настоятель, Иван Григорьевич Евдокимов, арестован и расстрелян на Бутовском полигоне. Во время битвы за Москву в 1941 году церковь стала крайним пунктом, до которого дошли немецкие войска. В послевоенное время здание использовалось для хранения сена и угля, затем принадлежало различным организациям и использовалось в качестве мастерской.
В 1991 году храм был возвращён Русской Православной Церкви. 6 декабря того же года состоялся водосвятный молебен и малое освящение храма. 25 марта 2007 года архиепископом Можайским Григорием было совершено великое освящение храма. При церкви действует воскресная школа.