Изначально на месте современного села Новогуслево существовало село Козлово, первое упоминание о котором датируется 1654 годом. В это время в селе была построена деревянная церковь Усекновения главы Иоанна Предтечи, находившаяся во владении стольников Феодора и Григория Милославских. В 1797 году на её месте была возведена новая деревянная церковь с приделом во имя апостолов Петра и Павла. Однако к началу XIX века возникла необходимость строительства более долговечного каменного храма.
В 1833 году на средства прихожан, преимущественно помещичьих крестьян, была построена каменная церковь в стиле ампир. Архитектурная композиция храма трёхчастная и осевая. Главный алтарь был освящён в честь Усекновения главы Иоанна Предтечи, а в тёплой трапезной части располагался придел во имя апостолов Петра и Павла.
В конце XIX века приход включал село Козлово и несколько близлежащих деревень: Мижуево, Садилово, Забериха, Аймусово, Никулки, Кушки, Приветово, Жуково и Стариково. Общее число прихожан составляло 701 мужчину и 828 женщин, среди которых были и переселенцы из Малороссии. В селе функционировала земская народная школа, в которой в 1892 году обучалось 78 учеников.
В 1930-х годах, в период антирелигиозной политики советского государства, храм был закрыт. После Великой Отечественной войны здание церкви подверглось значительным изменениям: верхняя часть и колокольня были разрушены, крыша заменена на двускатную, покрытую шифером, а само здание использовалось как зернохранилище. Декор фасадов сохранился лишь фрагментарно, окна были расширены, а штукатурка повреждена.
В 2016 году была объявлена необходимость помощи в восстановлении храма. Были предприняты усилия по реставрации здания и возрождению его духовной жизни.
