В 1848 году по благословению первого епископа Ставропольского Иеремии был основан приют для сирот духовного звания женского пола на землях Терского казачьего войска, в трёх верстах к северу от Ставрополя. В 1850 году, после строительства первой церкви во имя Иоанна Предтечи и жилого флигеля, приют был преобразован в Ставропольскую женскую Иоанно-Мариинскую общину. В 1851 году, по ходатайству епископа Иоанникия, община получила статус монастыря.
В последующие десятилетия монастырь активно развивался. В 1864 году была возведена церковь Покрова Пресвятой Богородицы, а в 1868 году — трёхъярусная колокольня с воротами. В 1870-х годах были построены пять корпусов с кельями, два гостиничных дома, монастырская больница, грот и бассейн Иеремиевского родника, две церковно-приходские школы, маслобойни, воскобойни, водяная и ветряная мельницы, скотный двор и другие постройки. В 1881 году по проекту архитектора П.Г. Воскресенского была проведена реконструкция Иоанновской церкви. В 1887 году был построен храм в честь Серафима Саровского с трапезной, а позднее — двухэтажный корпус для художественных мастерских. В 1896 году на звонницу был поднят колокол весом 500 пудов.
К началу XX века монастырь стал одним из крупнейших на юге России, насчитывая около тысячи монахинь и послушниц. По данным 1912 года, в монастыре имелось пять каменных церквей с колокольнями: св. пророка Иоанна Предтечи с престолами св. Марии Магдалины и св. Пантелеймона, Покровская, Серафимовская, св. Антония и Феодосия и св. пророка Иеремии. Монастырь также управлял часовней, построенной на месте бывшей Казанской приходской церкви.
В 1921 году монастырь был закрыт. На его территории размещались колония для беспризорников, общеобразовательная школа, дом отдыха партийных работников, а с послевоенных лет — психиатрическая больница. За годы советской власти здания монастыря разрушались и ветшали.
24 декабря 2004 года на заседании Священного Синода Русской Православной Церкви было благословлено открытие Иоанно-Мариинского женского монастыря в Ставрополе. Были начаты работы по восстановлению одного из сохранившихся храмов. В 2011 году в возрождённом сестринском корпусе обители был открыт храм.
