Первые документальные упоминания о храме относятся к 1628 году. В то время в Сынкове существовала деревянная церковь во имя апостола и евангелиста Иоанна Богослова с приделом святителя Николая Чудотворца. Согласно приходным окладным книгам Патриаршего казенного приказа, церковь была построена на средства вотчинников и прихожан.
В 1755 году, ввиду ветхости старого храма, прихожане обратились к императрице Елизавете Петровне с прошением о строительстве новой церкви. Получив благословение, в 1757 году был возведен новый деревянный храм, который прослужил более века.
В 1892 году, во время Великого поста, деревянная церковь сгорела. В связи с увеличением числа жителей села и потребностью в более вместительном храме, было подано прошение о строительстве каменного здания, рассчитанного на 400 человек.
Проект нового храма был разработан архитектором Николаем Михайловичем Садовниковым. Первоначально планировалось возвести храм в неовизантийском стиле, однако не все архитектурные замыслы были реализованы, и в итоге здание приобрело черты эклектики. Строительство началось в 1900 году и завершилось в 1906 году, когда храм был торжественно освящен.
Архитектурно храм представляет собой одноглавое крестово-купольное сооружение с трапезной, папертью и двумя приделами — в честь иконы Божией Матери «Взыскание погибших» и святителя Николая Чудотворца. Вместимость храма составляла около 400 человек.
После Октябрьской революции 1917 года храм продолжал функционировать, однако в 1928 году настоятель был арестован, и церковь закрыли. В последующие годы здание использовалось в различных хозяйственных целях: здесь размещались мельница, игрушечная фабрика и картонажный цех. Колокольня была разрушена, а внутреннее пространство храма разделено перекрытиями на три этажа. В 1970-х годах в здании дважды происходили пожары, что привело к утрате настенных росписей и кровли.
В 1993 году храм был возвращен православной общине. Начались реставрационные работы, направленные на восстановление первоначального облика здания. Богослужения возобновились и проводятся регулярно по настоящее время.
