Первое упоминание о каменной церкви в Глинках (старое название Глинково) относится к 1710 году. Существующий ныне храм апостола и евангелиста Иоанна Богослова с северным приделом во имя святого благоверного князя Александра Невского был построен в 1750-х годах (1753–1757 гг.) на средства владельца усадьбы, генерал-майора Александра Романовича Брюса. Материалом для строительства послужила разобранная церковь в сельце Мизиново. Храм в стиле барокко был завершён неравногранным восьмериком с куполом. В церкви находилась усыпальница семьи Брюс; в частности, здесь была похоронена Прасковья Александровна Брюс, близкая подруга Екатерины II.
В 1883 году на средства богородских купцов В.К. и Н.К. Аверьяновых была выстроена трапезная с Преображенским (Боголюбской иконы Божией Матери) приделом и колокольня. В 1934 году церковь была закрыта и до неузнаваемости перестроена в спальный корпус разместившегося в усадьбе санатория (в некоторых изданиях она числится даже утраченной). Погребения Брюсов, в том числе надгробие Прасковьи Александровны, выполненное скульптором И.П. Мартосом в 1786–1790 гг., были перенесены в филиал музея архитектуры им. А.В. Щусева, разместившийся в московском Донском монастыре.
В конце 1980-х годов здание было заброшено и полуразрушено; в 2007 году возвращено верующим. При обследовании храма в 2008 году с целью постановки его на государственную охрану было выявлено, что сохранились стены четверика (без завершения), а также алтарная часть; в помещении трапезной – остатки полов из метлахской плитки. Существуют планы восстановления церкви. Рядом с руинами храма в 2009 году построена деревянная церковь того же посвящения простой "клетской" архитектуры. Церковь апостола Иоанна Богослова в усадьбе "Глинки" была рекомендована к постановке на государственную охрану в статусе выявленного объекта культурного наследия.
