Первоначально на месте современного храма существовала деревянная церковь Иоанна Богослова, расположенная внутри Коломенского кремля. В 1577–1578 годах в писцовых книгах она упоминается как «Ивана Богослова, древяна, клецки, а в ней деисус стоячей». После её уничтожения пожаром в начале XVIII века было принято решение о строительстве нового каменного храма. Строительство началось в 1733 году на Житной площади (ныне площадь Двух Революций) за пределами кремля. Основные работы были завершены в 1756 году.
Архитектурно храм выполнен в стиле русского классицизма. Особенностью здания является его интеграция в комплекс торговых рядов, что придаёт ему уникальный облик. В 1819 году была снесена старая колокольня, а в период с 1826 по 1846 годы построена новая пятиярусная колокольня в стиле ампир высотой 67 метров. Колокольня украшена часами-курантами, которые были восстановлены в 2009 году.
В советский период, начиная с 1929 года, храм был закрыт, а его имущество частично уничтожено. В здании размещались различные учреждения, включая склад магазина и отдел главного архитектора. В 1997 году богослужения были возобновлены, а в 2005 году здание полностью передано приходу.
