Село Барково впервые упоминается в жалованной грамоте великого московского князя Ивана III, датируемой 1462–1466 годами. В XVI веке оно входило в состав вотчины Троице-Сергиева монастыря. В селе находилась деревянная церковь в честь святого мученика Никиты, построенная монастырем. К середине XVII века рядом с ней был возведен второй деревянный храм в честь пророка Илии.
В 1822 году, на средства прихожан, была построена каменная церковь Илии Пророка с приделом святого мученика Никиты. Архитектура храма отличалась строгостью и лаконичностью, характерными для стиля классицизма. Церковь состояла из основного здания, трапезной и колокольни, на которой размещались шесть колоколов. Приход включал село Барково и окрестные деревни: Михайловскую, Федоровскую, Васюкову и Никольскую.
В 1939 году храм был разрушен советскими властями. На его месте был устроен рынок.
В конце 1990-х годов, по благословению митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия, в селе Барково была основана церковная община. В 2002 году началось строительство нового Ильинского храма. Архитектура здания сочетает традиционные формы псковского зодчества, включая однокупольную структуру и колокольню. Строительство продолжалось до 2008 года. 4 ноября 2008 года, в день празднования Казанской иконы Божией Матери, архиепископ Можайский Григорий совершил чин Великого освящения храма.
При храме действует образовательное учреждение — Негосударственный образовательный учреждение «Православный центр образования во имя Святых Царственных Мучеников». Центр предоставляет образование с углубленным изучением Закона Божия, церковнославянского языка, Священного Писания и других предметов. 6 сентября 2010 года состоялось торжественное освящение этого учебного заведения.
