Село Вишняково, ранее известное как Вышневьское, впервые упоминается в 1348 году в договоре между сыновьями Ивана Калиты, по которому оно стало собственностью великого князя Симеона Гордого. Впоследствии село принадлежало боярину Андрею Ивановичу Кобыле, родоначальнику династии Романовых. В XV веке Вишняково поступило в качестве вклада в московский Симонов монастырь от внука Кобылы — Андрея Гавриловича Гавшина. В 1585 году эти земли монастырь обменял всесильному боярину и конюшему Борису Фёдоровичу Годунову.
Наличие в селе церкви во имя Рождества Пречистой Богородицы отмечено в 1627 году. В 1644 году князь Василий Григорьевич Ромодановский построил деревянную церковь Рождества Христова с приделом святителя Николая Мирликийского. В 1764 году село приобрела Ирина Гавриловна Евлашева, жена Захара Петровича Евлашева. При новых владельцах в 1775 году в селе была выстроена существующая и поныне каменная церковь Рождества Христова с приделом Казанской иконы Божией Матери. Архитектор храма неизвестен; предположение о том, что автором проекта был А. П. Евлашев, маловероятно, поскольку ко времени строительства он ослеп.
Храм кирпичный с белокаменными деталями. Внутренняя лепная отделка и трёхрядный иконостас (не сохранившиеся) были выполнены в стиле барокко. Трёхъярусная колокольня была пристроена позднее.
В советское время церковь была закрыта, лишилась внутреннего убранства, главок, куполов храма и колокольни, кровли и окон. Здание требует больших восстановительных работ.
В 2000 году была организована община. В 2007 году медленно начались восстановительные работы. 18 сентября 2010 года в храме была отслужена первая Божественная литургия.
