Точные даты его основания и строительства остаются неизвестными, однако исторические источники позволяют проследить основные этапы его существования.
Впервые упоминания о церкви в селе Накаплово встречаются в документах начала XVIII века. Согласно архивным данным, в 1701 году по указу Петра I и по просьбе боярина Тихона Никитича Стрешнева было разрешено строительство каменной церкви во имя Рождества Христова на месте обветшавшего деревянного храма. Строительство было завершено к 1703 году, и храм стал важным религиозным центром для местных жителей.
В XIX веке храм подвергся значительным изменениям. В 1822 году новый владелец села, князь П.М. Оболенский, инициировал пристройку к церкви трапезной с двумя приделами и колокольней. Эти дополнения придали храму более величественный вид и расширили его функциональные возможности.
В советский период храм, как и многие религиозные сооружения, подвергся закрытию. В 1922 году из него были изъяты церковные ценности, а в конце 1930-х годов богослужения прекратились. В 1948 году трапезная часть храма была разрушена.
В 1968 году под руководством архитектора Н.И. Иванова была проведена частичная реставрация храма, направленная на сохранение его архитектурного облика. Однако полноценное восстановление и возобновление богослужений произошло лишь в начале XXI века. В 2010 году в храме была совершена первая Божественная литургия после длительного перерыва, что ознаменовало возрождение религиозной жизни в этом месте.
Архитектурно Христорождественский храм представляет собой образец московского барокко. Первоначально деревянный, он был перестроен в камне в начале XVIII века. В 1822 году были добавлены трапезная и колокольня, придавшие храму дополнительные архитектурные элементы.
