Первые упоминания о храме в селе Рождествено относятся к XVI веку. В приходной книге Патриаршего Казённого приказа за 1628 год зафиксирована «Церковь Рождество в государеве дворцовом селе Рожествене». Это свидетельствует о существовании в то время деревянной церкви, которая, по описанию 1682 года, имела придел святого Николая Чудотворца. Однако в 1682 году церковь сгорела и была восстановлена в 1721 году. В 1737 году храм вновь пострадал от пожара, после чего в 1788 году была возведена новая деревянная церковь. При строительстве каменного храма в XIX веке эта деревянная церковь была перенесена на сельское кладбище.
В начале XIX века владельцем села Рождествено стал граф Иван Павлович Кутайсов, фаворит императора Павла I. В 1810 году он инициировал строительство нового каменного храма в стиле позднего классицизма с элементами школы Матвея Казакова. Проектирование и руководство строительством были поручены московскому губернскому архитектору Дмитрию Фомичу Борисову. Строительство продолжалось с 1828 по 1831 годы, и в 1831 году храм был освящён. Храм имел два придела: во имя Иоанна Предтечи и святых апостолов Петра и Павла.
В 1834 году в правом приделе церкви был похоронен граф Иван Павлович Кутайсов, а в 1848 году — его супруга Анна Петровна. В 1889 году генерал-майор свиты Илларион Николаевич Толстой, наследник Кутайсовых по женской линии и правнук Михаила Илларионовича Кутузова, построил при храме церковно-приходскую школу.
В 1938 году, в период советских репрессий, храм был закрыт. Во время Великой Отечественной войны здание не пострадало, однако в послевоенные годы использовалось как хранилище удобрений, и крыша была сорвана. В 1997 году храм был передан общине верующих, и начались восстановительные работы. В 1999 году на храме был воздвигнут крест. В настоящее время церковь восстановлена, однако реставрационные работы продолжаются. К храму приписана часовня Александра Свирского.
