Село Подушкино, известное с XV века, получило своё название от первого владельца — московского гостя Иоанна Владимировича Подушки. В 1627 году в писцовой книге упоминается деревянная церковь во имя Рождества Христова, принадлежавшая селу. В то время село было небольшим, насчитывало шесть крестьянских и три бобыльских двора, где проживало 15 человек.
В 1750 году коллежский асессор Александр Матвеевич Воейков получил разрешение на строительство новой каменной церкви вместо ветхой деревянной. Строительство велось в период с 1757 по 1769 годы. Новая церковь была выполнена в стиле барокко и имела форму креста с колокольней.
В 1830 году, благодаря стараниям Григория Сергеевича Кушникова, здание церкви было расширено, и в нём устроили придел в честь Тихвинской иконы Божией Матери. Это свидетельствует о значимости храма для местного населения и его постоянном развитии.
В 1885 году баронесса Надежда Александровна Мейендорф, урождённая Веригина, построила по соседству с храмом усадьбу в стиле французского шато XVI века. Это событие привлекло внимание к региону и способствовало развитию инфраструктуры вокруг храма.
В 1920-х годах начались попытки закрытия церкви. 2 августа 1925 года приход церкви, под давлением властей, заключил договор с Московским Уездным Советом, обязуясь не допускать в здании церкви политических собраний, враждебных советской власти, и не проводить религиозное обучение несовершеннолетних. Однако уже 30 октября 1925 года Президиум Мосгубисполкома постановил ликвидировать церковь в посёлке Барвиха. Попытки закрытия встретили сопротивление со стороны местных жителей, но в начале 1930-х годов храм всё же был закрыт.
После закрытия здание храма использовалось для различных хозяйственных нужд: в нём размещались баня, прачечная, ЖЭК и милиция. Кладбище перед алтарём было уничтожено, что привело к утрате значительной части исторического наследия.
18 ноября 1994 года состоялось первое приходское собрание, положившее начало возрождению храма. 5 декабря 1994 года устав прихода был зарегистрирован в Епархии, а 15 февраля 1995 года — в Министерстве юстиции РФ. 9 июля 1996 года, в день празднования Тихвинской иконы Божией Матери, была отслужена первая Божественная литургия в возрождённом храме.
