Село Немчиновка возникло в конце XIX века благодаря строительству Московско-Брестской железной дороги. В 1875 году Михаил Ардалионович Немчинов получил разрешение на строительство платформы на 16-й версте этой дороги, что положило начало формированию поселка.
В 1914 году, в разгар Первой мировой войны, в Немчиновке был открыт храм в честь Рождества Христова. Основатель поселка, М.А. Немчинов, передал свой жилой деревянный дом для устройства в нем церкви. Здание было перестроено, и внешне церковь стала напоминать храм преподобного Сергия Радонежского в Эммануиловке. Храм имел колокольню с шестью колоколами.
В 1924 году силами прихожан был построен церковный дом, в котором проживал настоятель храма Алексий Соколов с семьей и отцом — архиепископом Алтайским и Бийским Иннокентием, находившимся на покое. В 1934 году храм был закрыт, а его последний настоятель расстрелян в 1937 году на Бутовском полигоне. Здание церкви было снесено, и на её месте построен клуб.
В 2002 году была восстановлена приходская община церкви. Богослужения проходили во временном помещении поселкового клуба, находившегося на месте разрушенного храма. 3 февраля 2005 года был утвержден эскизный проект и получено благословение митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия на строительство трехпрестольного храма. Центральный престол храма был назван в честь Рождества Христова, боковой придел — в честь иконы Божией Матери «Утоли моя печали», придел в цокольном этаже с крестильным храмом — в честь священномученика диакона Елисея Штольдера. Первое богослужение в храме состоялось на праздник Рождества Христова в 2007 году.
В 2012 году на колокольню храма были установлены восемь колоколов. В настоящее время храм действует и является духовным центром для местных жителей.