Первые упоминания о церкви в Ильинском относятся к XVI веку. В 1576 году село было передано в собственность Троице-Сергиева монастыря, и в то время в селе уже существовал храм. В 1650 году Иван Степанович Слепушкин, владевший селом с 1643 года, построил здесь деревянную церковь. После его смерти село перешло к его сыну Никифору Ивановичу Слепушкину. В 1717 году Никифор Слепушкин инициировал строительство каменного храма. Кирпичная церковь типа «восьмерик на четверике» с трапезной и колокольней была выстроена на его средства. В 1739 году зодчий-самоучка Иван Макаров из деревни Ученжа Ярославского уезда завершил строительство храма. Церковь имела три престола: главный — в честь Рождества Христова, и придельные — Покровский и Ильинский.
К концу XIX века старая церковь обветшала, и было принято решение о строительстве нового храма. Проект представил известный московский архитектор и инженер Владислав Адамович Грудзин. По проекту храм должен был вмещать 600—700 прихожан села Ильинского и 13 окрестных деревень. Закладка храма произошла 16 августа 1873 года, а окончание работ относится к 1881 году. Главный иконостас храма был пятиярусный, деревянный и вызолоченный, придельные иконостасы — трёхъярусные. Приделы храма во имя святителя Николая и пророка Илии были освящены 24 февраля 1885 года.
В 1910 году при церкви было открыто «братство трезвости», в которое обращались не только жители села Ильинское, но и близлежащих деревень. Силами Дмитровского земства в селе была устроена школа — Ильинское народное училище, законоучителем состоял местный настоятель, в храме была устроена библиотека.
