История храма начинается в начале XVIII века, когда владелец села Филатово Косьма Думашев в 1704 году построил деревянную церковь на Рождественском погосте. Существует мнение, что Рождественский погост не соответствует нынешнему Филатово и деревня была лишь приписана к приходу Рождественской церкви, существовавшей издавна, уничтоженной в Смутное время и в 1704 году возрождённой вновь. В середине XVIII века (по разным источникам, в 1750 или 1778 году) камердинер Матвей Иванович Воронов, тогдашний владелец села, построил каменную домовую церковь в стиле барокко, приписанную к деревянной церкви на Рождественском погосте. В 1808 году (по другим данным, в 1810 году) церковь на погосте сгорела и не была восстановлена, после чего в 1817 году Филатовский храм стал приходским. При этом была разобрана старая колокольня, стоявшая над трапезной, и пристроена новая у западного входа; храм стал просторнее и принял очертания стиля классицизма. В 1880-х годах фасады были украшены эклектичным лепным декором.
В июле 1936 года с церкви был снят колокол, а 15 февраля 1938 года состоялось последнее богослужение; в ту же ночь был арестован настоятель Алексий Петрович Смирнов, 28 февраля 1938 года расстрелянный на Бутовском полигоне. Вскоре были разрушены колокольня, церковная паперть и трапезная; кирпич использовали при строительстве скотного двора, и от церкви остался только остов главной части.
В 2015 году усадьба Филатово была сдана в аренду для реставрации по губернаторской программе «Усадьба Подмосковья». Арендатором стал предприниматель В. Калюжный, который планирует восстановить усадьбу и открыть в ней образовательный центр для детей и краеведческий музей.
