Архитектурно храм относится к шатровым церквям, характерным для «годуновской» эпохи. Он поставлен на высоком подклете, с двумя симметричными приделами и белокаменной апсидой. Нижняя часть постройки сложена из белого камня, добывавшегося в Мячковских каменоломнях, а шатёр выстроен из кирпича. Первоначально основание храма окружала каменная открытая ходовая паперть с одним задним входом, над которым высилась шатровая звонница. Обширная паперть соединяла два небольших пристроенных придела, освящённых во имя великомученика Феодора Стратилата и великомученика Димитрия Солунского, небесных покровителей царя Фёдора Ивановича и Дмитрия Годунова соответственно.
После смерти царя Бориса Годунова в 1605 году и последовавших за этим событий, включая Смутное время, село Беседы перешло во владение боярина Дмитрия Тимофеевича Трубецкого в 1619 году. Согласно писцовым книгам того времени, в селе Беседы находилась каменная церковь «верх шатром, строенье вотчинниково». Село в то время было небольшим и бедным, о чём свидетельствуют записи о наличии всего одного крестьянского двора.
В 1646 году, после смерти княгини Анны Васильевны Трубецкой, село Беседы стало дворцовым. Через него проходил путь из Коломенского в Остров — царскую резиденцию, лежащую в десяти километрах ниже по Москве-реке. Царь Алексей Михайлович посещал Остров, проезжая через Беседы, а иногда оставался в селе на службе. По свидетельству А. А. Мартынова, в храме находилось царское место.
В 1765 году по указу императрицы Екатерины II село Беседы и соседнее село Остров с приписанными к ним деревнями были пожалованы графу Алексею Григорьевичу Орлову-Чесменскому. Его дочь, Анна Алексеевна Орлова, известная своей набожностью, пожертвовала значительные средства на различные храмы и монастыри, в том числе и на перестройку церкви в Беседах. В 1815 году были разобраны старинные паперти, и с южной стороны пристроен небольшой придел в честь пророка Илии. В 1820 году построен более обширный северный придел Покрова Пресвятой Богородицы. В 1827 году возведена трёхъярусная стройная колокольня в стиле позднего классицизма.
В 1930-е годы храм в Беседах был закрыт, и в его нижнем помещении организовано овощехранилище совхоза имени Ленина. Однако в 1943 году, во время Великой Отечественной войны, храм был передан в пользование верующим и стал одним из немногих центров духовной жизни Подмосковья. Впоследствии он привлёк к себе верующих и из Москвы, которые составили большую часть прихода.
В начале 2000-х годов рядом с храмом в овраге, на месте источника, была построена кирпичная надкладезная часовня, освящённая во имя пророка Илии, и купальня. Рядом разбит сад с цветами.
