С момента основания прихода богослужения стали проводиться ежедневно, несмотря на отсутствие специально построенного храма. В 2003 году в арендованном помещении состоялось первое архиерейское богослужение, которое возглавил архиепископ Можайский Григорий в Пяток Светлой седмицы.
При церкви была организована воскресная школа, где проводились беседы о православии для взрослых и отдельные встречи с молодежью. Приход осуществлял духовное окормление районного приюта и детского дома, а также вел активную работу в дошкольных и общеобразовательных учреждениях.
В 2000 году в помещении Ступинской Центральной городской клинической больницы была создана часовня в честь великомученика Пантелеимона. Администрация больницы предоставила помещение для совершения богослужений, которые с того времени регулярно проводятся, привлекая как пациентов, так и медицинский персонал.
В 2003 году было подписано решение главы администрации района о выделении участка земли в городе Ступино под строительство городского собора. Началась активная подготовка к строительству церкви.