Строительство храма началось в 1810 году на территории нового городского кладбища, официально открытого в 1809 году. Работы продолжались длительное время и были завершены в 1824 году, когда церковь была освящена и приписана к Успенскому собору. В 1826 году императрица Елизавета Алексеевна, вдова императора Александра I, пожертвовала 1000 рублей на содержание храма.
В 1837 году церковь была перестроена, приобретя архитектурный облик, сохранившийся до настоящего времени. В 1860 году проведен капитальный ремонт, в ходе которого к зданию были пристроены трапезная и колокольня, что улучшило функциональность и расширило возможности храма для проведения богослужений.
В 1910 году при церкви открыта церковно-приходская школа, способствовавшая духовному и образовательному развитию местного населения.
В 1922 году, в период антирелигиозной политики советского государства, храм был закрыт и подвергся разграблению. Однако, в отличие от многих других культовых сооружений Таганрога, здание церкви избежало разрушения и сохранилось в первоначальном виде. Во время оккупации города немецкими войсками в годы Великой Отечественной войны храм был вновь открыт для богослужений.
Архитектурно здание храма представляет собой образец церковного зодчества начала XIX века. В крипте церкви находятся несколько захоронений, в том числе прах контр-адмирала Льва Яковлевича Кульчицкого, 13-го градоначальника Таганрога, умершего в 1873 году.
