Храм Воздвижения Креста Господня в Кронштадте первоначально был построен как англиканская церковь в 1819–1822 годах по проекту неизвестного архитектора для местной общины англичан. Здание выполнено в стиле классицизма и рассчитано на 1000 человек. Богослужения в англиканском приходе продолжались до 1902 года, после чего здание было продано из-за сокращения численности общины.
В начале XX века в Кронштадте существовала значительная православная эстонская община, насчитывавшая около 800 человек. По инициативе священника Николая Симо и при финансовой поддержке купца Николая Туркина здание бывшей англиканской церкви было приобретено и перестроено для нужд православного прихода. Туркин пожертвовал средства на адаптацию здания, включая возведение главки над алтарной частью и создание мраморного пола в алтаре, под которым был помещён ларец с частицами мощей святых. Освящение храма состоялось 1 (14) декабря 1902 года, чин освящения совершил святой праведный Иоанн Кронштадтский.
В 1906 году в храме был освящён второй придел во имя преподобного Серафима Саровского. Храм стал центром духовной жизни эстонской общины, богослужения проводились на эстонском языке. После революции 1917 года храм был приписан к Андреевскому собору. В 1921 году церковь временно закрывалась в связи с арестом настоятеля, протоиерея Николая Симо, но вскоре была возвращена верующим. Окончательное закрытие храма произошло в 1931 году.
После закрытия церковное имущество, включая колокола и утварь, было изъято, а здание перестроено под общежитие. Колокольня и главка были разобраны, внутреннее пространство разделено на два этажа. В 1953–1955 годах проведена значительная перепланировка интерьеров. Несмотря на это, фасады здания сохранились без существенных изменений.
14 декабря 2017 года был учреждён приход храма в составе Санкт-Петербургской епархии Русской Православной Церкви. Здание признано объектом культурного наследия федерального значения. В настоящее время храм не действует, ведутся работы по его восстановлению.
