Он был построен в 1883–1887 годах по проекту вологодского губернского архитектора Владимира Николаевича Шильдкнехта.Освящение храма состоялось 31 мая 1887 года.
История храма связана с развитием Горбачёвского кладбища, основанного в 1775 году в соответствии с указом Сената о переносе кладбищ за пределы населённых пунктов. Первоначально на кладбище была построена церковь с тёплыми приделами во имя Димитрия Солунского и Феодора Стратилата, освящёнными в 1777 году. Холодная часть церкви была освящена в 1790 году во имя святого Лазаря Праведного.
К середине XIX века первоначальное здание храма обветшало, что потребовало его реконструкции. Строительство нового храма началось в 1883 году и завершилось в 1887 году. Архитектурно здание представляет собой симметричную продольную композицию, включающую храм с алтарём, трапезную и трёхъярусную колокольню. Фасады украшены элементами, характерными для новгородско-псковского зодчества, что предвосхищает эстетику неорусского стиля.
В советский период храм был закрыт в 1937 году, но уже в 1938 году вновь открыт для обновленческой общины. С 1945 года храм действует непрерывно. В 1991 году он был поставлен на государственную охрану как объект культурного наследия регионального значения.
На территории Горбачёвского кладбища, где расположен храм, похоронены многие известные вологжане, включая живописца Платона Семёновича Тюрина и краеведа Сергея Арсеньевича Непеина. В 2022 году были обретены мощи праведного Александра Вологодского, которые в 2023 году были перенесены в Лазаревский храм.
