История храма восходит к XVIII веку, когда в селе Добродеевка существовала церковь, упоминаемая в исторических источниках. 12 августа 1848 года в результате сильного пожара село полностью сгорело, включая церковное здание. Восстановление села и строительство нового храма были осуществлены на средства владельца села, тайного советника графа Петра Ивановича Апраксина. 1 декабря 1848 года началось строительство нового храма, который был освящён в честь первоверховных апостолов Петра и Павла. Богослужения в новом храме начались в 1851 году.
Архитектурно храм представляет собой деревянное здание, построенное на высоком кирпичном цоколе. Стены рублены из бревен без остатка и обшиты тесом. Здание имеет крестообразный объём, образованный прямоугольным алтарём, боковыми прирубами и вытянутой трапезной, к которой примыкает нижний четверик колокольни, служивший папертью. Боковые прирубы и паперть украшены четырёхколонными портиками с входными лестницами и фронтонами. Фасады оформлены в стиле позднего классицизма с использованием простых карнизов и рамочных наличников окон с сандриками. В интерьере центральная часть храма соединена с остальными широкими проёмами.
В начале XX века при храме активно развивалась церковно-просветительская деятельность. В 1902 году была открыта церковно-приходская школа в деревне Малый Вышков, а в 1905 году — ещё одна школа на хуторе Любин. Священник Михаил Михайлович Бекаревич, занимавший должность настоятеля, стал заведующим обеих школ и преподавал Закон Божий. Он также преподавал в железнодорожной школе при станции Злынка. За свою деятельность был награждён медалью «25 лет церковно-приходским школам».
С установлением советской власти судьба храма изменилась. В начале 1920-х годов часть церковных ценностей была изъята. В 1931 году священник Михаил Бекаревич был осуждён на два года лишения свободы. В 1933 году храм был официально закрыт, колокольня и купола с крестами разрушены. 22 октября 1937 года Бекаревич был арестован вновь и приговорён к расстрелу. В том же году здание храма было переоборудовано под клуб.
Во время оккупации в годы Великой Отечественной войны храм был открыт, но после освобождения села в сентябре 1943 года богослужения были вновь запрещены. В 1945 году, по ходатайству колхозников, храм был вновь открыт для богослужений. В середине 1950-х годов в селе участились кражи икон, включая похищение чудотворной Гефсиманско-Черниговской иконы Божией Матери, доставленной в храм на временное хранение в 1915 году.
