Село Вакино известно с древнерусского периода; в 3 км к западу от него расположено городище Борисов-Глебов, упоминаемое с 1180 года. В XV веке эти земли принадлежали великой княгине Рязанской Анне Васильевне, сестре Ивана III.
В XVIII веке в Вакино была построена деревянная церковь во имя святых благоверных князей Бориса и Глеба, освященная в 1785 году. В 1869 году вместо нее была возведена новая деревянная церковь, которая в 1881 году сгорела. В 1890 году, благодаря усилиям местного священника Кирилла Рясского, архиепископа Рязанского Феоктиста и министра внутренних дел графа Димитрия Толстого, была построена каменная церковь с колокольней. В проектировании участвовали инженер-архитектор Вейсс, архитектор Чистосердов и художник Николай Шумов.
После революции 1917 года церковь была закрыта. 6 января 1956 года на общем собрании колхозников было решено снести здание храма для использования материалов в строительстве школы. Впоследствии на его месте был возведен новый школьный корпус.
В 2007 году началась работа по восстановлению храма. Летом того же года был заложен первый камень в основание новой деревянной церкви на окраине села, рядом с епархиальным подворьем. 11 августа 2009 года состоялось великое освящение вновь построенного храма в честь Владимирской иконы Божией Матери.
Архитектура восстановленной церкви отражает традиции XV века, с деревянными стенами, создающими атмосферу уюта и близости для прихожан. В комплексе также были возведены часовня и патриаршие покои.
