Храм Входа Господня в Иерусалим в районе Бирюлево-Восточное был построен в рамках «Программы строительства 200 храмов в Москве». В начале XXI века в этом районе при населении 150 000 человек не было ни одного православного храма. Ближайшие храмы — храм свт. Николая у станции Бирюлево Товарная и храм иконы Божией Матери «Живоносный Источник» в Царицыне — не могли вместить всех верующих в большие церковные праздники.
По просьбе жителей Святейший Патриарх Алексий II обратился к Правительству Москвы с ходатайством о выделении земли под строительство. В 2007 году участок на пересечении Михневской улицы и Михневского проезда был выделен. Строительство осложнялось тем, что ранее на этом месте находился пруд, а подземная часть была насыщена городскими коммуникациями. До начала строительства на участке установили часовню, где совершались молебны.
Закладной камень храма был освящен в сентябре 2011 года. Проект разработан институтом «Моспроект-3», архитектором В. П. Кочетовым. Храм рассчитан на 200 человек и выполнен в традициях православного зодчества. 30 декабря 2011 года Патриарх Московский и всея Руси Кирилл учредил Патриаршее подворье при строящемся храме.
22 декабря 2012 года состоялось освящение купола и креста, которое возглавил митрополит Истринский Арсений. Первая Божественная Литургия была совершена 6 января 2013 года в сочельник Рождества Христова. Великое освящение храма архиерейским чином состоялось 29 декабря 2019 года, его совершил епископ Бронницкий Фома.
