Первая церковь во имя святителя Василия Великого в посёлке Ессей была построена в 1892 году местными мастерами в устье реки Сымна-Сэнэ. Это стало первым православным храмом на территории Эвенкии. Деревянное здание выполнено в традиционном для сибирского церковного зодчества стиле. Храм возводился в период активной миссионерской деятельности Русской Православной Церкви среди коренных народов Севера.
В 1873 году Святейший Синод передал ессейских якутов в духовное окормление Енисейской епархии. Особенностью местной общины было отсутствие распространённого среди соседних народов шаманизма, что способствовало принятию христианства. Первые миссионеры прибыли в Ессей ещё в 1856 году из Камчатки и построили часовню, предшествовавшую храму.
В советский период, после 1917 года, храм продолжал функционировать до 1984 года, когда был снесён. В архивных материалах сохранились фотографии здания 1905 и 1920 годов из фондов Музея антропологии и этнографии РАН и Енисейского краеведческого музея. На снимках зафиксирован внешний облик утраченного храма.
В 2018 году главой Эвенкийского района было принято решение о воссоздании храма. Строительство началось в 2019 году при поддержке местной администрации и благотворителей. Сруб изготовили в Красноярске и доставили в Ессей по зимнику. Новый храм возведён на другом месте относительно исторического расположения. Освящение состоялось в начале 2020 года.
Посёлок Ессей, основанный в 1628 году как острог мангазейских казаков, в церковной историографии именуется «колыбелью христианства» в Эвенкии. Первое крещение местных жителей среди коренных народов Севера произошло здесь в конце XIX века. Современный храм сохраняет посвящение святителю Василию Великому, установленное при первоначальном основании.