Первые упоминания о храме святителя Василия Великого в Васильевском погосте относятся к концу XV века. В писцовых книгах Новгородской земли за 1497-1499 годы отмечается наличие погоста Васильевского на реке Веряже с деревянной церковью во имя Василия Великого. В 1550-1551 годах в документах упоминается церковь Василия Кесарийского с приделом Покрова Пресвятой Богородицы.
Земли Васильевского погоста в XV-XVIII веках входили во владения Клопского монастыря, что подтверждается жалованными грамотами Ивана IV Васильевича. В 1730 году по указу архиепископа Новгородского Феофана (Прокоповича) была построена новая деревянная церковь взамен обветшавшей. К середине XIX века и этот храм пришел в ветхость.
Существующий каменный однопрестольный храм был возведен в 1871 году на средства прихожан по благословению митрополита Новгородского и Санкт-Петербургского Исидора (Никольского). Освящение совершил 12 декабря 1871 года епископ Старорусский Феоктист (Попов). Храм построен в форме креста, с двухъярусной шатровой колокольней, соединенной с основным объемом.
В 1901 году внутренние стены храма были расписаны. На северной стене изображались преподобные Михаил Клопский, Ефрем Перекомский, Антоний Римлянин и Варлаам Хутынский, на южной - новгородские святители. Роспись не сохранилась. Первоначальный четырехъярусный резной иконостас включал местные иконы с изображением праздников, особо почитаемых в приходе.
В 1945 году храм был вновь открыт и получил статус приходского. В советский период здание использовалось не по назначению, что привело к утрате части внутреннего убранства. В настоящее время храм является действующим, богослужения совершаются регулярно.