Храм в честь Казанской иконы Божией Матери в селе Перекопное Ершовского района Саратовской области был основан в XIX веке. Первоначально здание храма было деревянным и входило в состав приходов Саратовской епархии. В дореволюционный период храм являлся центром духовной жизни местного населения, включая окрестные деревни.
В начале XX века храм подвергся перестройке и расширению. Были добавлены приделы, что увеличило его вместимость. Архитектурный стиль здания соответствовал традициям православного храмового зодчества того времени. В храме совершались регулярные богослужения, действовала церковно-приходская школа.
В советский период, в 1930-е годы, храм был закрыт, а его здание использовалось для хозяйственных нужд. Внутреннее убранство, включая иконостас и церковную утварь, было утрачено. В послевоенные годы здание храма находилось в заброшенном состоянии.
В конце XX века началось восстановление храма силами местных жителей и прихожан. В 2011 году здание было официально передано Саратовской епархии Русской Православной Церкви. С этого времени в храме возобновились богослужения, проводились работы по реставрации.
В настоящее время храм является действующим и входит в состав Ершовского благочиния Саратовской митрополии. Архитектурный облик здания сохраняет черты, характерные для сельских храмов Саратовской губернии XIX века.