Обитель была основана в 1569 году по повелению царя Ивана IV Грозного на месте явления чудотворных икон Божией Матери — «Умиление» и «Одигитрия» — пастуху Тимофею на Синичьей горе, впоследствии получившей название Святая гора.На месте явления икон была возведена часовня, а затем каменный храм в честь Успения Пресвятой Богородицы, ставший центром новой монастырской обители.
Архитектурный облик храма соответствует традициям псковского зодчества XVI века. Собор представляет собой однокупольный храм с трёхапсидным завершением, построенный из плитняка на известковом растворе. Фасады белокаменные, почти лишены декоративных элементов, разделены лопатками на прясла, соответствующие внутренней структуре храма. По углам расположены полуколонны со скупыми капителями. Алтарь собора размещён на месте явления иконы Одигитрии.
В конце XVI века монастырь пострадал от нашествия войск польского короля Стефана Батория. . При монастыре ежегодно проводились ярмарки, привлекавшие большое количество купцов и народа. В 1837 году на территории монастыря был похоронен русский поэт Александр Сергеевич Пушкин, что придало обители особое значение в культурной истории России. В 1899 году, к столетию со дня рождения поэта, монастырь был переведён из третьего во второй класс штатных монастырей.
В 1924 году монастырь был закрыт советскими властями. Во время Великой Отечественной войны здания обители серьёзно пострадали, некоторые были разрушены, другие заминированы. К 1949 году большая часть монастырских строений была восстановлена и до 1992 года использовалась как экспозиционная и административная часть Государственного мемориального музея-заповедника А. С. Пушкина.
В 1992 году монастырь был возвращён Русской Православной Церкви. С тех пор в обители возобновилась монашеская жизнь, проводятся регулярные богослужения и церковные праздники. Монастырь охраняется государством в составе Музея-заповедника А. С. Пушкина.
