Первое упоминание о храме Успения Пресвятой Богородицы в Кондопоге относится к 1563 году. Храм был построен как филиальный (выставочный) храм Никольского Шуйского погоста, удаленный от основного прихода на 50 верст. В 1582-1583 годах церковь была сожжена шведскими отрядами во время Ливонской войны. В 1585 году на том же месте был возведен новый храм клетского типа с тремя алтарями, который также был уничтожен в начале XVII века в период Смутного времени.
Третья по счету Успенская церковь была построена к 1616 году, о чем свидетельствуют земельные книги 1616-1619 годов. Это была теплая церковь с шатровым завершением, при ней имелись трапезная и колокольня. Храм просуществовал до середины XVIII века, после чего был разобран по причине ветхости.
Существовавший до 2018 года храм был построен в 1774 году на средства прихожан. Архитектурное решение представляло собой два восьмерика на четверике с шатровым завершением высотой 42 метра. Храм относился к прионежской школе деревянного зодчества, для которой характерны фронтонный пояс на восьмерике и расширение центрального столпа кверху. В 1829-1831 годах рядом с церковью была построена деревянная колокольня, а в 1857 году - зимняя церковь Рождества Богородицы.
В 1918 году храм был взят под охрану как памятник архитектуры. В 1930 году богослужения в храме прекратились. Колокольня была разобрана в 1930-х годах, а зимний храм - в 1960-х. В 1960 году Успенская церковь была включена в список объектов культурного наследия РСФСР. В 1990 году храм был вновь освящен, богослужения проводились в летний период.
10 августа 2018 года храм полностью сгорел в результате поджога. В июле 2022 года начались работы по восстановлению церкви. На момент утраты в храме сохранялся четырехъярусный иконостас в стиле барокко и уникальный расписной потолок-«небо» с композицией «Божественная литургия», являвшийся единственным известным образцом такой росписи в действующем храме.