Первое упоминание о храме во имя Рождества Пресвятой Богородицы в Кондопоге относится к 1857 году. Это был пятикупольный деревянный храм, построенный в традициях северного зодчества. В составе храмового комплекса он являлся зимней церковью при Успенской церкви 1774 года постройки. После революции 1917 года храм был закрыт, в его помещениях размещался клуб, а в 1960-е годы здание было полностью разобрано.
Решение о восстановлении храма было принято в 2006 году. Новое здание возводилось по проекту архитектора Ирины Соболевой в традициях деревянного зодчества с использованием современных материалов. Строительство велось с 2004 по 2009 год. Высота сооружения составила 23 метра. В апреле 2009 года состоялся чин малого освящения, а 25 сентября 2011 года архиепископ Петрозаводский и Карельский совершил великое освящение храма.
Архитектурное решение храма включает трехъярусный резной иконостас, иконы для которого были написаны в местной иконописной мастерской. С западной стороны крыша выполнена трехскатной, завершение храма увенчано куполом. На территории прихода возведена отдельная колокольня, построена часовня и церковная лавка.
В храме пребывают частицы мощей святого мученика Христофора и преподобномученика Евсевия Синайского. При храме действуют воскресные школы для детей и взрослых, катехизические курсы, работают иконописная и столярная мастерские.
