Казённая слобода, в которой был возведён храм, упоминается с XVI века и находилась в ведении Казённого приказа. В слободе проживали дворцовые служители, отвечавшие за хранение царского имущества. К середине XVII века Казённая слобода стала одной из крупнейших в Москве, насчитывая 275 дворов к 1680 году. На её территории существовали два храма: во имя апостола Иакова Зеведеева и Усекновения Главы Иоанна Предтечи. Первый из них сохранился до наших дней, тогда как второй был разрушен в XX веке.
Первые упоминания о храме Усекновения Главы Иоанна Предтечи относятся к 1620 году. Изначально церковь была каменной, при ней существовала деревянная церковь Казанской иконы Божией Матери. К 1722 году был сооружён придел святителя Николая, а к 1760 году — придел святителя Димитрия Ростовского. В 1770–1772 годах были построены трапезная и колокольня. Церковь была возведена по проекту архитектора Матвея Фёдоровича Казакова и представляла собой образец московского классицизма. Здание имело круглую форму с прямоугольными выступами, ориентированными по сторонам света. Фасады были украшены рустом, интерьер — лепниной и хорами с балюстрадой. В народе храм называли Иоаннопредтеченской, Предтеченской или Ивановской церковью.
В 1794 году старый храм был разобран, и началось строительство нового здания по проекту М. Ф. Казакова. Новый храм был освящён 25 августа 1801 года. В 1770–1772 годах была построена трёхъярусная колокольня, которая сохранилась до наших дней. Колокольня имеет прямоугольную форму и окрашена в салатовый цвет с белыми пилястрами и декоративными элементами. Первый ярус оформлен порталом в стиле классицизма, стены второго и третьего ярусов украшены портиками дорического ордера. Третий ярус завершается крышей со слуховыми окнами, четырёхугольной надстройкой с раструбом и шпилем, увенчанным позолоченным яблоком и крестом.
В 1930-х годах храм был снесён, предположительно в 1935 или 1939 году, а на его месте был построен жилой дом. Колокольня, стоявшая отдельно от основного здания, избежала разрушения. В советский период в её помещениях размещались различные учреждения: мастерские, парикмахерская и другие. В 1965 году купол колокольни был повреждён, внутри находилась гравёрная мастерская. В 1967 году колокольня была покрашена, установлен новый купол серого цвета, однако крест остался непозолоченным. В 1980 году на первом этаже колокольни располагалась женская парикмахерская.
К 1995 году колокольня была отремонтирована, покрашена и передана православному приходу храма апостола Иакова Зеведеева в Казённой слободе. В 2001 году на ней была восстановлена звонница, установлены восемь колоколов весом от 4 до 530 кг. Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II освятил колокольню. В 2018 году колокольня и сторожка храма были переданы приходу храма Воскресения Словущего в Барашах.
В настоящее время колокольня является памятником архитектуры федерального значения. Её архитектурный облик представляет собой образец московского классицизма XVIII века. Первый ярус колокольни имеет портал в стиле классицизма, второй и третий ярусы украшены портиками дорического ордера. Третий ярус завершается крышей со слуховыми окнами, четырёхугольной надстройкой с раструбом и шпилем, увенчанным позолоченным яблоком и крестом. Колокольня окрашена в салатовый цвет с белыми пилястрами и декоративными элементами.
