Село Селенгуши было основано в 1740-х годах. В 1763 году на средства помещицы Марии Георгиевны Шамшевой в селе был воздвигнут трёхпрестольный кирпичный храм в честь Усекновения главы Иоанна Предтечи. Боковые приделы были освящены во имя святителя Николая Чудотворца и в честь иконы Пресвятой Богородицы «Знамение». Архитектурно храм представляет собой характерный образец казанского барокко, выполненный по схеме «восьмерик на четверике» с колокольней. Фасады украшены декоративными элементами, типичными для нарышкинского стиля.
В 1911 году планировалось расширение храма, однако этим планам помешала Первая мировая война. В конце 1930-х годов храм был закрыт, а здание использовалось как зернохранилище. На куполах и колокольне сохранились подлинные кресты XVIII—XIX веков.
В настоящее время над сохранением и восстановлением церкви трудятся добровольцы проекта «Небо? -Свод!», направленного на оказание помощи старинным храмам, разрушенным в годы гонений на Церковь. К работам присоединяются неравнодушные жители республики, которым дорого духовное, архитектурное и культурное наследие малой Родины.