Село Борисово впервые упоминается в приходных окладных книгах патриаршего приказа за 1628 год. Первоначально в селе существовал деревянный храм, освящённый в честь святителя Николая Чудотворца. В дозорных книгах патриаршего казённого приказа 1680 года также значится церковь Николая Чудотворца в селе Борисове. Позднее была построена новая, белокаменная церковь, освящённая в честь Святой Живоначальной Троицы. Точная дата её строительства неизвестна, однако в документе от 1710 года храм уже упоминается как существующий. Это была одноглавая церковь с четырёхскатной кровлей, поднятой высоко, что заслужило название «шатровой». Церковь имела полукруглый алтарь, а декорация фасадов была крайне скромной.
В 1826 году священник Иван Андреев обратился к архиепископу Московскому и Коломенскому Филарету с просьбой разрешить заменить прогнившую крышу и заделать трещины в стенах и своде алтаря. Состояние храма не позволяло в нём совершать службы, поэтому прихожанам и причту был выделен северный придел в Рождественском храме села Беседы для богослужений. В процессе ремонта храм был разобран до основания и возведён вновь. Обновили иконостас и иконы. 11 мая 1829 года Троицкий храм был заново освящён.
В 1880-х годах была построена новая каменная церковь с главным престолом в честь праздника Живоначальной Троицы и с приделами в честь иконы Божией Матери «Утоли моя печали» и святителя Николая. До революции 1917 года на колокольне храма размещался один из самых больших колоколов Москвы весом 300 пудов.
После революции 1917 года храм был закрыт. В советский период здание использовалось как склад, позднее — в качестве гаража. В результате этих изменений храм пришёл в запустение и был серьёзно повреждён.
