Строительство храма было завершено в 1874 году казаками хутора Кубанского и станицы Кубанской.
В период антирелигиозной политики советского государства многие храмы подвергались закрытию или разрушению. Однако, благодаря усилиям местных жителей и прихожан, храм Троицы Живоначальной в станице Кубанской был сохранен и продолжил функционировать.
В постсоветский период, с возрождением религиозной жизни в России, храм стал центром духовной и культурной жизни станицы Кубанской. Были проведены реставрационные работы, направленные на сохранение и восстановление исторического облика здания. В настоящее время храм действует, в нем регулярно проводятся богослужения и церковные таинства.