Село Зенкино, ранее известное как Нижние Раковы Рясы, упоминается в исторических источниках с конца XVII века. В 1791 году по инициативе иерея Максима Алексеева была получена храмозданная грамота на строительство новой деревянной церкви Рождества Христова, которая была освящена в 1793 году. В 1882 году эта церковь была продана в село Комаревку.
Строительство каменного храма Троицы Живоначальной началось 24 июня 1862 года и завершилось в 1871 году. Главный престол был освящен 29 мая 1871 года, а приделы в честь Рождества Христова и иконы Божией Матери "Всех скорбящих Радость" — 21 октября 1873 года. Колокольня, состоящая из трех ярусов и достигающая высоты 50 аршин, была возведена в 1872 году. В 1882 году вокруг храма была построена каменная ограда, а рядом с церковью — каменный дом, в котором размещалась школа, действовавшая с 1843 года.
Приход храма включал село Раковы Рясы (ныне Зенкино) с 347 дворами и деревню Крыжи с 4 дворами. В этих населенных пунктах проживало 2684 человека, из которых около 400 были грамотными. В 1873 году в штате причта числились священник и псаломщик.
Среди известных священнослужителей храма упоминаются Максим Алексеев, Иаков Максимов, Аврамий Тимофеев, Андрей Прокопьев Виноградов, Гавриил Аврамьев Рождественский и Сергей Иоаннович Быков.
В 1930–1940-х годах храм подвергся закрытию, как и многие другие церкви в стране. Местные жители пытались сохранить святыню, трижды предотвращая снятие колоколов, известные своим мелодичным звоном. Однако в конечном итоге колокола были сняты, а крест с купола упал и ушел в землю так глубоко, что его не удалось извлечь даже с помощью трактора.
Возрождение храма началось в 2004 году по инициативе местных жителей и при поддержке земляков. К 2022 году основные восстановительные работы были завершены, и в храме возобновились богослужения. Иконы, возвращенные местными жителями, заняли свои места. В настоящее время продолжается сбор средств на завершение отделки и приобретение церковной утвари.