Первоначально в селе Шуйское существовала деревянная церковь, построенная в XVII веке. В 1814 году на её месте была возведена каменная церковь в честь Троицы Живоначальной. Храм имел несколько приделов, в том числе в честь Иоанна Предтечи, пророка Илии, святителя Леонтия Ростовского, Всех Святых, святителя Николая Чудотворца, преподобного Феодосия Тотемского, иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость» и Усекновения главы Иоанна Предтечи. Архитектурно здание представляло собой типичный образец русской церковной архитектуры того времени, с массивными стенами, сводчатыми потолками и колокольней.
В 1930-е годы, в период антирелигиозной кампании, храм был закрыт, а в 1950-е годы окончательно разрушен. На его месте остались лишь фрагменты фундамента и части стен. В течение нескольких десятилетий здание не использовалось по назначению и находилось в запустении.
Возрождение церковной жизни в селе Шуйское началось в 1990-е годы. В 1996 году был возобновлён приход, являющийся преемником закрытого в 1930-е годы храма. В 2001 году администрация села передала прихожанам здание бывшей автостанции, построенное в конце XIX века крестьянином И.М. Ветюковым для торгового заведения и жилья. На его базе началось строительство нового каменного храма. Проект культового объекта был адаптирован к уже существующему строению, были пристроены алтарь и деревянная колокольня. Жители села принесли в церковь сохранённые в трудные годы иконы, образы, старинные книги и церковную утварь. Из храма Апостола Первозванного в Вологде был передан в дар колокол.
В феврале 2005 года новый храм был освящён и начал функционировать. Внешне здание напоминает плывущий корабль, что символизирует церковь как ковчег спасения. В 2018 году в храм была доставлена икона святителя Спиридона Тримифунтского с клеймами о житии и с частицей облачения святого, специально написанная для нового храма на средства благотворителей. Икона была освящена в храме во имя Спиридона Тримифунтского на острове Корфу и принесена в Шуйское с участием представителей Русской Православной Церкви.
