История храма охватывает период с середины XVIII века до настоящего времени и включает несколько этапов строительства, разрушения и восстановления.
В 1746 году в селе Помары была построена первая деревянная церковь, освящённая во имя святых бессребреников Космы и Дамиана. К середине XIX века эта церковь обветшала, что побудило местного священника Александра Шабанова в 1874 году обратиться с прошением о строительстве нового каменного храма во имя Пресвятой Троицы. В том же году началось строительство нового каменного здания церкви.
В 1878 году строительство каменной Троицкой церкви было завершено. Храм был построен на средства прихожан и представлял собой типичный образец православной храмовой архитектуры того времени. Перед церковью была возведена часовня, за которой находилось лобное место, использовавшееся для публичного осуждения провинившихся. Марийское население называло это место "кырыме вер", что переводится как "место, где людей избивают".
В 1940 году, в период антирелигиозной политики советского государства, Троицкая церковь была закрыта. Её помещения были переоборудованы под нужды машинотракторной станции, а позднее здание было полностью разобрано. До наших дней сохранилась только колокольня, которая использовалась как пожарная каланча.
В конце XX века, приблизительно в период с 1990 по 1995 годы, в селе Помары была создана новая церковь Троицы Живоначальной. Для этого было использовано двухэтажное каменное здание бывшей аптеки, предоставленное местной администрацией по просьбе прихожан. Здание было реконструировано для церковных целей: на крыше появилась главка, а внутренние помещения были адаптированы для проведения богослужений. Предполагалось, что эта церковь будет временной на период строительства нового храма, а впоследствии в этом здании планировалось разместить воскресную школу.
