Первое упоминание о храме относится к XVIII веку, когда на месте нынешней церкви была построена деревянная церковь во имя Святой Троицы. В 1776 году на Язвицком погосте была возведена деревянная церковь Святой Троицы взамен обветшавшему храму Михаила Архангела. В 1891 году на этом месте была построена новая каменная церковь, освящение которой происходило в торжественной обстановке при большом стечении народа.
В период советской власти храм был закрыт, и его здание использовалось в различных хозяйственных целях. До 60-х годов XX века храм находился в хорошем состоянии, хотя и был заброшен. Позднее погост разграбили, вандалы похитили большинство надгробий с прилегающего кладбища, сдвинули каменные плиты на могилах, поломали ограды. В самом храме были вскрыты полы, склепы. За время советской власти местность опустела, в погосте не осталось жителей. Решением Исполнительного комитета Новгородского областного Совета народных депутатов от 26 декабря 1977 года деревня Язвищи была снята с регистрации как населённый пункт.
В 2011 году была сформирована волонтёрская группа, занимающаяся сохранением и восстановлением храма. С 2013 года был создан и зарегистрирован «Благотворительный фонд восстановления церкви Святой Живоначальной Троицы с часовней в Язвищах». Фонд несколько раз подавал заявку на получение президентского гранта для проведения противоаварийных работ, но получал отказ. Финансирование восстановительных работ и разработки проекта осуществлялось за счёт краудфандинговых проектов. 22 июля 2017 года прошла первая за 80 лет Божественная литургия в храме Святой Троицы. На ней присутствовало около 50 человек, как волонтёров из благотворительного фонда, так и жителей окрестных поселений. Несмотря на это, храм не считается действующим, является казённым имуществом в ведении Новгородской области, передан в «Благотворительный фонд восстановления церкви Святой Живоначальной Троицы с часовней в Язвищах» в безвозмездное пользование на неопределённый срок.