Согласно надписи на тябле иконостаса, строительство деревянной церкви было завершено в 1689 году. Однако, в приходской ведомости за 1908 год указана дата постройки 1691 год. Возможно, расхождение связано с различиями в датировке начала и завершения строительства или с ошибками в документах.
Первоначально храм был построен на кладбище, которое к настоящему времени упразднено. Впоследствии к церкви была пристроена трапезная, а во второй половине XIX века здание было обшито досками. В 1801 году в селе была построена каменная трёхпрестольная церковь с колокольней, посвящённая пророку Илии, святителю Феоктисту Новгородскому и Покрову Божией Матери. Однако в 1930-х годах каменная церковь была полностью разобрана, а её кирпич использован для строительства школы.
Во время Великой Отечественной войны, после освобождения деревни Ильина Гора от немецких войск в 1944 году, прихожане обратились с просьбой о возобновлении богослужений в сохранившемся деревянном храме. Церковная утварь, иконы и старинный иконостас были сохранены, что позволило возобновить службы.