Храм Святой Живоначальной Троицы в поселке Южно-Курильск на острове Кунашир был построен в 1999 году как деревянное здание. Освящение совершено епископом Южно-Сахалинским и Курильским Ионафаном в присутствии губернатора Сахалинской области Игоря Фархутдинова. Храм стал вторым православным храмом поселка и острова в послесоветский период.
Из-за суровых климатических условий деревянное здание храма к 2010 году пришло в аварийное состояние. В ноябре 2010 года, во время визита на Кунашир, президент России Дмитрий Медведев принял решение о строительстве нового храма на месте старого. Благотворительный фонд собрал 165 миллионов рублей на строительство. Проект комплекса разработал Сергей Ясюкевич, концепцию внутреннего убранства - архитектор Александр Тимченко из Волгодонска.
Старый храм был разобран в 2011 году. Фундамент нового каменного храма освятили 15 октября 2011 года. Строительство вела сахалинская фирма «Лиго-дизайн». Храм построен сейсмоустойчивым, облицован керамической плиткой. Верхний храм полностью расписан фресками с библейскими сюжетами художниками из Волгодонска. Иконостас выполнен из мрамора с позолоченной резьбой, иконы написаны в Санкт-Петербурге. Колокола отлиты на заводе в Каменск-Уральске.
Малый чин освящения нового храма совершил епископ Южно-Сахалинский и Курильский Тихон 22 декабря 2012 года. Великое освящение состоялось 10 марта 2013 года. В комплексе также построены здание воскресной школы и церковно-причтовый дом.