Храм во имя святого благоверного князя Даниила Московского в селе Малокурильское на острове Шикотан был основан в 2003 году. Деревянный сруб для храма изготовлен в городе Судиславле Костромской области и доставлен на Курильские острова с значительными трудностями, связанными с удалённостью и сложностями логистики. Строительство осуществлялось силами пяти плотников из Костромы.
Село Малокурильское, где расположен храм, исторически известно как Сикотан (Сякотан) в период японского управления Южными Курилами с 1855 по 1945 год. После перехода территории под контроль СССР в 1945 году населённый пункт получил современное название. Экономика острова Шикотан традиционно связана с рыболовством, что определило состав местного населения.
Здание храма возведено на возвышенности над селом. В 2022 году в связи с аварийным состоянием деревянной постройки, вызванным морским климатом, начато строительство каменного храма в честь святителя Тихона, патриарха Московского и всея Руси. 4 июля 2025 года деревянный храм Даниила Московского серьёзно пострадал от пожара, в результате которого здание получило необратимые повреждения.
Приход храма относится к Южно-Сахалинской и Курильской епархии Русской Православной Церкви. Епархия на Сахалине и Курильских островах была образована в 1993 году, восстановив церковную жизнь после советского периода. Исторически православие на Курилах связано с миссионерской деятельностью иеромонаха Сергия в XIX веке и развивалось среди местного айнского населения.